Streitigkeiten um Liegenschaften und Rechte scheinen öfter vorgekommen sein: Aus dem Jahre 1208 ist ein Streit der Templer mit den Zisterzienserinnen überliefert. Dieser betraf eine Hufe auf dem Langensteiner Felde, eine halbe Hufe zu Niendorf und eine Wiese an der Holzemme. Man einigte sich schließlich gütlich und tauschte gleich noch die Thomaskirche gegen die Jacobikirche nebst Kloster am breiten Tor ein.

Nach dem Umzug in die Jakobikirche wurden die Templer 1214 vom Probst des Burchardiklosters beschuldigt, verschiedene kirchliche und weltliche Gegenstände widerrechtlich mitgenommen und versteckt zu haben. Am 9. September 1296 einigte sich Bertram, der Templermeister in Deutschland und Slawien, mit dem Kloster St. Johannis in Halberstadt wegen des dem Orden zustehenden Patronats über die Kirche in Gerdekesdorp. Geredekesdorp (Göhringsdorf; heute: Vorwerk, westlich von Seehausen) war der Sitz des Archidiakonats.

Im Laufe der Zeit vergrößerten die Templer ihren Besitz hinter der Jacobikirche auf die Straßen Weingarten und Sack sowie in der Umgebung der Stadt kontinuierlich und zielstrebig.

Bereits 1306 verkaufte Präzeptor Friedrich von Alvensleben den Ordenshof in Halberstadt und sämtliche Besitzungen in den umliegenden Dörfern.

1313 versprach das Jacobi-Kloster in Halberstadt, das Anniversarium von Friedrich, des letzten Präzeptors für Deutschland und Slavien, zu begehen.